1) имена существительные - названия церковных должностей со значением старшинства в звании (протодиа́кон, протоиере́й, протопо́п и т.п.)
2) имена существительные - названия лиц, означающие высшую степень проявления ими какого-либо качества, заключенного в мотивирующем имени существительном (протобе́стия, протокана́лья).
IIпрефикс
Словообразовательная единица, образующая имена существительные со значением первоначальности, исконности по отношению к тому, что названо мотивирующим именем существительным (протозвёзды, протозооло́гия, протоисто́рия, прототи́п и т.п.).
усилит. приставка в сложениях по образцу греч. заимствований с прото-. Из πρωτο- [в свою очередь — из πρωτος «первый»] (протопо́п, протоиере́й, протодиа́кон и т. д.) образуют также протобе́стия, протокана́лья и др.; см. Преобр. II, 136; Малиновский, РF 4, 659.